L’Abbazia fu fondata, secondo una tradizione non documentata, da papa Gregorio nel VI secolo e poi distrutta dagli Arabi. Essa, molto probabilmente, risale al periodo normanno. Di certo, fu rifondata nel 1347 da sei monaci provenienti dalla comunità di San Nicola di Nicolosi, guidati da don Angelo Sinisio, per desiderio dell’arcivescovo Emanuele Spinola.
Nel XVI secolo, la comunità cominciò ad espandersi dando origine a un epoca di sviluppo architettonico, durante il quale vennero riedificate la chiesa ed il primo nucleo del convento.
Vennero inoltre realizzate opere monumentali come il coro monastico, opera di artigiani Napoletani sul modello di quello di San Severino e Sossio. La crescita continuò nel XVII secolo con l’opera degli architetti Giulio Lasso, nel 1608, che completò la chiesa e progettò il chiostro di San Benedetto, e Marino Smiriglio nel 1613. La fontana di San Benedetto nell’omonimo chiostro è opera di Giuseppe Pampillonia, importante artista palermitano, entrato a far parte della comunità.
Numerose sono le opere di Pietro Novelli: tra le quali nel refettorio l’affresco di San Daniele nella fossa dei leoni, la pala di San Benedetto che consegna la sua regola ad ordini monastici e cavallereschi.
All'interno dell'Abbazia, ha sede la Biblioteca Pax, che colleziona volumi rilegati con la caratteristica legatura martiniana in pergamena, che presenta, nei piatti, figure quadrangolari e romboidali realizzate con la tecnica dell’impressione a secco e con punzonature in oro e nero di motivi fitomorfi.
Il fondo della biblioteca è, infine, impreziosito da 27 corali membranacei miniati, la maggior parte di essi sono decorati e presentano capilettera ornati da motivi fitomorfi o da vere e proprie rappresentazioni figurate. Tali corali sono stati realizzati sempre presso lo scriptorium dell’Abbazia martiniana.
Il complesso è oggi sede dell'Officina dei Restauri, dell'Accademia Abadir, accademia di designe arti visive e della casa editrice Abadir Edizioni, editrice d'arte e opere scientifiche.
